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Según la Ley de Descentralización Administrativa, el Consejo Departamental es el “órgano colegiado de consulta, control y fiscalización” de la gestión prefectural.

Sólo tomando la ley, sin embargo, según la abogada Katiuska Moya, se encuentra que el Consejo en rigor no es un órgano independiente del prefecto, por lo menos en lo relativo a sus sesiones.

Según el D.S. 27431 de abril del 2004, las sesiones del Consejo Departamental son ordinarias y extraordinarias; las ordinarias se realizan tres veces al mes.

Ambas deben ser convocadas por el prefecto, sea de oficio o a solicitud de la mayoría absoluta de los consejeros.

Cuando el Consejo puede sesionar con la mitad más uno de sus miembros, en caso de empate en alguna votación, el prefecto tiene el derecho del “voto dirimidor”, salvo, eso sí, que se haya votado un tema relacionado con la fiscalización de su labor o en el caso de una censura a su gestión de parte del Consejo Departamental.

Si el prefecto no estuviera de acuerdo con alguna decisión del Consejo, según la Ley de Descentralización, “podrá apartarse del dictamen y/o aprobación emitidos por el Consejo”. Frente a esto, el Consejo podrá representar el hecho ante el Presidente de la República, quien es, en última instancia, quien toma la decisión definitiva.