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La nueva estructura constará de los niveles de Prefecto, secretarías y direcciones. También fue creado el Consejo de Coordinación entre el Presidente y los nueve prefectos.

El viceministro de Descentralización, Fabián Yaksic, dijo que las prefecturas podrán crear reparticiones según sus necesidades (género, pueblos indígenas y desarrollo productivo), pero manteniendo una estructura básica.

En caso de ausencia temporal, será el Secretario General quien reemplace al Prefecto. Si la usencia es definitiva, habrá elecciones. Se definieron los criterios para “transferir o delegar” competencias que los prefectos podrán solicitarlas al Gobierno, que hará un estudio técnico. En caso de viajes al exterior, el Prefecto deberá justificar ante el Ministerio de la Presidencia. La norma también faculta a los prefectos a contraer créditos y donaciones, pero con límites legales.