Desde que el presidente Evo Morales llegó al poder, y pese a que aseguró que profesa el catolicismo, su gobierno intentó en reiteradas oportunidades reducir al mínimo la presencia de la Iglesia Católica en el Estado, hasta conseguir suprimirla del proyecto de Constitución Política del Estado (CPE), cuando en la que está vigente figura como religión oficial.
Una de las primeras manifestaciones de la política de Morales en contra de los católicos se produjo en marzo del 2006 (a dos meses de su posesión), cuando la Conferencia Episcopal denunció que el Ejecutivo quiso copar los cargos de directores de unidades educativas de convenio (1.300), dirigidas por religiosos católicos.
En junio de ese año, el entonces ministro de Educación, Félix Patzi, adelantó que la religión católica no sería más la religión oficial del país y dejaría de ser materia en la currícula escolar. Agregó que la Iglesia “está al lado de la oligarquía y hace 514 años que está al servicio de los ricos”.
En mayo del 2007, el cardenal Julio Terrazas afirmó que “existe el despertar de un indigenismo, sobre todo andino, desconocedor del fuerte mestizaje boliviano. Se suscitan posturas revanchistas, la incitación a las confrontaciones y hasta se habla de resistencias armadas”.
Morales salió al paso y respondió que la Iglesia “decida si va a rezar o a hacer política”.