El nuevo gabinete del presidente Evo Morales derivó en una reestructuración en la organización del Órgano Ejecutivo debido a la supresión de dos carteras. El Ministerio de Autonomías pasa a depender del Ministerio de la Presidencia y la cartera de Transparencia, del Ministerio de Justicia. Se crea el Ministerio de Energía.
El Órgano Ejecutivo ahora está constituido por 20 ministerios, uno menos que en la pasada gestión. La Ley de Organización del Órgano Ejecutivo de 2006 definió la estructura de las reparticiones con las que contó Evo Morales desde su primer gobierno; fueron 15 ministerios los constituidos.
Mediante el Decreto Supremo 29894, del 7 de febrero de 2009, se crearon los ministerios de Autonomías y de Transparencia Institucional y Lucha contra la Corrupción. Con esa normativa el gabinete estaba conformado por 20 carteras del Estado.
Con otro decreto, el otrora Ministerio de Autonomías se constituye en un viceministerio del Ministerio de la Presidencia, cuyo titular es ahora René Martínez. En tanto, el Ministerio de Transparencia dependerá del Ministerio de Justicia y Transparencia, cartera que regirá Héctor Arce, hasta hace horas procurador general del Estado.
Morales decidió también crear el Ministerio de Energía, cuyo primer titular es Rafael Alarcón Orihuela. Con esta repartición suman 20 ministerios en el gabinete.
La cartera de Autonomías, desde su creación, tenía la función de impulsar el proceso autonómico y la descentralización. Bajo su administración se impulsó el denominado pacto fiscal que se encuentra en discusión y los procesos autonómicos en gobiernos subnacionales, a través de los referéndums de estatutos y cartas orgánicas. También se ejecutaron las delimitaciones de territorios, el último titular de esta cartera fue Hugo Siles Nuñez del Prado.
En tanto, el Ministerio de Transparencia ejerció tuición sobre la fiscalización del ejercicio público y la administración en entidades del Estado. Con este despacho se impulsaron más de un centenar de procesos penales por corrupción contra autoridades nacionales y subnacionales, la última titular de esta repartición fue Lenny Valdivia.