El final de la maravillosa ciudad de Alejandría marcó el fin del pensamiento clásico, del racionalismo y de la filosofía antigua. Nunca dejó de estar habitada, pero después de la destrucción de su biblioteca, de su museo y de su faro, la ciudad pasó a ser un vago fantasma del esplendor que un día exhibió.
Alejandría no era un centro cultural únicamente griego, sino multicultural, porque al ser el puerto más grande de su tiempo bebía de todas las culturas antiguas. Entre sus habitantes más ilustres se encontraba el judío Filón de Alejandría, quien fue el gran pensador que propuso las bases interpretativas que hoy en día se emplean para la Biblia. Es además en aquella época en que por órdenes del faraón Ptolomeo II filadelfo se elaboró la primera traducción de la Biblia, conocida como Septuaginta, la Biblia de los 70 sabios. Pero además de ser un lugar de libertad religiosa y de progresos culturales, era uno de los centros económicos más importantes de su tiempo. Su sólido carácter cultural siguió en pie pese al incendio de su biblioteca ocurrido con la conquista de la ciudad a manos del emperador Octavio, tras la batalla de Accio en el 31 a.C., y pronto recuperó su enorme colección de unos 900.000 volúmenes.
Para el cristianismo, Alejandría fue de esencial importancia, porque además de haber albergado a la primera iglesia fundada, fue cuna de sus primeros grandes pensadores, como Clemente y Orígenes de Alejandría en el siglo III, cuyas enseñanzas se expandieron al resto del Mediterráneo gracias al gran movimiento portuario de la ciudad.
La crisis del imperio romano fue nefasta para la ciudad, además de las guerras civiles del siglo III, durante las que la biblioteca de la ciudad fue saqueada en más de una ocasión, reduciendo su número de obras y obligando a su traslado al templo de Serapis (dios híbrido heleno-egipcio del conocimiento), en el que, durante un tiempo, prosiguieron las clases y estudios.
Después de la cristianización del imperio, en tiempos de Teodosio el Grande, la paz religiosa de la ciudad multicultural llegó a su fin. El patriarca de la ciudad, San Cirilo, ávido de poder, comenzó una política de rechazo hacia todo lo que no era cristiano, por lo que primeramente expulsó a los judíos, que habitaban en la ciudad desde hacía más de 600 años, apropiándose de sus sinagogas y propiedades. Posteriormente atacó a los paganos, destruyendo todos sus elementos culturales, entre ellos los restos de la biblioteca en el templo de Serapis. Por último, persiguió y aniquiló a sus filósofos, entre los que estaba Hipatia de Alejandría, una de las filósofas más importantes de su tiempo y gran astrónoma, matemática y neoplatónica. Fue desnudada, humillada, descuartizada y quemada, ya que para los cristianos de esa época era inadmisible que una mujer pudiese ser astrónoma sin ser una bruja.
Para concluir el trágico fin de la ciudad de Alejandro Magno llegaron los musulmanes, quienes, bajo órdenes del califa Umar ibn al-Jattāb, quemaron todas las obras que aún quedaban, siendo el fin de una cultura y un periodo. Posteriormente la ciudad siguió siendo devastada; sus grandes estatuas fueron destruidas y arrojadas al mar, tanto por cristianos como por musulmanes. Durante un tiempo permaneció en pie el faro, al que durante la Edad Media también le llegó el fin a través de un temblor y de la negligencia musulmana para reconstruirlo. Fue así como el fanatismo religioso acabó con la cultura más abierta y tolerante de la antigüedad.