El 8 de enero de 1959, Fidel Castro realizó su entrada triunfal en La Habana e instauró gobierno. El Che fue enviado por Fidel a una gira como embajador itinerante de Cuba que duraría tres meses. En la República Árabe Unida se entrevistó con Gamal Abdel Nasser; en India se reunió con Nehru e Indira Gandhi. También visitó Birmania, Tailandia, Japón, Indonesia, Singapur, Hong Kong, Yugoslavia, Italia y España, despertando simpatía por la Revolución cubana en el extranjero.
En noviembre de 1959, Ernesto Che Guevara fue nombrado presidente del Banco Nacional de Cuba, cargo en el que desarrolló una actividad frenética. Hablaba en actos públicos, escribía un libro y numerosos artículos, dirigía el Departamento de Industrialización y participaba en las jornadas de trabajo voluntario de construcción de escuelas. Aunque tenía un alto cargo, conservó la austeridad espartana de los tiempos de la guerra, se negó a cobrar sueldos por los diferentes cargos y solo cobraba el de comandante de 440 pesos, que apenas le alcanzaban.
En octubre de 1960, tras dejar sus funciones en el Banco Nacional, emprendió un viaje a Europa oriental con la misión de obtener ayuda soviética, créditos y una salida comercial para los productos cubanos bloqueados. En Moscú, Nikita Kruschev le ofreció su apoyo, y el Che firmó convenios que dieron salida al azúcar cubana, abastecimiento petrolero, créditos para fábricas y auxilio técnico para la minería. Fue invitado a participar en el desfile por el aniversario de la Revolución de octubre y su presencia provocó una enorme ovación. En noviembre visitó China para conseguir créditos blandos y fue recibido calurosamente por el pueblo chino. Durante su entrevista con Mao Tse-Tung sufrió un acceso de asma que le provocó un desmayo y un ataque cardiaco.
En febrero de 1961 fue nombrado Ministro de Industria de Cuba, con la misión de abastecer al país y viabilizar una industria dependiente y bloqueada. El trabajo del Che era de hasta 20 horas por día visitando fábricas, buscando soluciones para los problemas y propiciando la participación de los trabajadores. Comía en la cafetería del ministerio como cualquier trabajador, haciendo colas con su plato de aluminio. Los domingos, al finalizar la jornada de trabajo voluntario, se ponía a leer informes de pie y con la punta de la silla en la espalda para no quedarse dormido. Los tiempos eran duros, había racionamiento, pero él rechazó una cuota adicional de alimentos: “Todo lo que haya se va a repartir entre todos los que somos”.
En abril de 1961 el Che se desempeñó como comandante de occidente en el desembarco de Bahía de Cochinos. Experimentó con una máquina para cortar caña. Trabajó en ese proyecto personalmente y cortó en dos semanas, con jornadas de 13 horas diarias, más de 100.000 arrobas, a pesar de que la nueva herramienta era todavía defectuosa.
En marzo de 1964 viajó a Nueva York para participar en la Conferencia de Comercio y Desarrollo de la ONU, en la que denunció el bloqueo contra Cuba. Su discurso fue profético: “El imperialismo estadounidense ha pretendido hacer creer que la coexistencia pacífica es de uso exclusivo de las grandes potencias de la tierra (…) me siento tan patriota de Latinoamérica como el que más, y en el momento que fuera necesario estaría dispuesto a entregar mi vida por la liberación de cualquiera de los países de Latinoamérica sin pedirle nada a nadie, sin exigir nada, sin explotar a nadie”. Probaría su sinceridad partiendo primero al Congo para unirse a la guerrilla y después a Bolivia, donde encontraría la muerte.
Una vez había escrito a sus hijos: “Sobre todo, sean siempre capaces de sentir en lo más hondo cualquier injusticia cometida contra cualquiera en cualquier parte del mundo”.